十二日，驰折奏唐训方暂署皖抚，仍应驻扎临淮，接统袁甲三一军，使楚、皖官军联为一气。附片奏陈，大江以南，疾疫盛行，宁国境内最甚，金陵、徽州、衢州次之，水师及上海、芜湖各军亦皆厉疫繁兴，死亡相继。鲍超一军，死者数千，其猛将如黄庆、伍华瀚等先后物故，鲍超、张运兰、杨岳斌皆染病甚重。皖南道姚体备、营务处甘晋，则一病不起。天降大戾，近世罕闻，恶耗频来，心胆俱碎。若被贼匪扑犯，战守俱无把握，甚至欲逃走以待再振而不可得。臣自度薄德菲才，不足以挽厄运而支危局，请旨简派在京亲信大臣驰赴江南，分重大之责任，挽艰难之气数，庶几补救于万一，臣断不敢稍存推诿，致误戎机。奉上谕：朝廷信用楚军，以曾国藩忠勇发于至诚，推心置腹，倚以挽救东南全局。自诸军进逼金陵，逆匪老巢已成阱槛。惟以艰难时会，诚不易得，迭经寄谕，总以毋徒求效旦夕，惟当立足不败之地，以俟可乘之机。矧兹疾疫繁兴，各军将士疫病之馀，讵忍重加督责？该大臣惟宜愈矢忠诚，拊循加意，使军心益固，沴气潜除。各营病疫将士，其各传旨，优加存问。本应明降谕旨慰劳，诚以事关军务，或恐人心疑惧，奸宄从而生心，贼人转益张其凶焰。我国家深仁厚泽二百馀年，当此艰危时势，又益以疾疫流行，将士摧折，深虑隳士气而长寇氛。此无可如何之事，非该大臣一人之咎。意者朝廷政事，多所阙失，足以上干天和。惟当齐心默祷，以祈全消沴戾。我君臣当痛自刻责，实力实心，勉图禳救之方，为民请命，以冀天心转移，事机就顺。至天灾流行，必无偏及各营将士，既当其阨，贼中亦岂能独无传染？该大臣郁愤之馀，未迫探询。刻下在京固无可简派之人，环顾中外，才力气量如曾国藩者，一时亦实难其选。该大臣素尝学问，时势艰难，尤当任以毅力，矢以小心，仍不容一息稍懈也。钦此。公接奉此旨，读之泣下。

十七日，专差奏皖南加广学额中额一折，请奖徽州捐生一折，报销淮北课盐一折。

二十日，苏州贼大股援金陵，围扑官军营盘。贼结垒二百馀座，日夜环攻。公弟国荃力战御之。

鲍公超军挫于新河庄。贼犯宁国府，鲍公入城拒守。二十三日，李公续宜起行回籍，唐公训方到任。

二十四日，拜发万寿贺折。

二十七日，驰折奏陈，皖北一带楚军单薄，不能分拨，李续宜所部将领五人，才位相埒，难相统驭。并陈明苗沛霖诡谲多端，不易言抚，惟赦其罪而不资其力，犹不失为中策。附片奏报金陵、宁国两处军营被贼大股扑犯，将领士卒皆为病所苦，防守尚无把握。总由微臣德薄位尊，莫挽厄运之故，忧惶无已。又片奏臣军前调黑龙江马队二百馀员名，随同转战，屡有功绩，因水土不宜，抱病者多，应资遣回旗，以资休息。

是月，蒋公益澧军至浙江，克复寿昌县城。

九月初一日，安徽藩司马新贻奉旨暂统临淮官军。

初六日，宁国县城失守。

十二日，公驰奏汇报各路军情一折：雨花台营垒，贼以大股百道环攻，此金陵之可虑也；宁国之贼，欲由间道上犯江西，此宁国之可虑也；小丹阳之贼，由东坝拖过战船，时图出江，冲断江中粮路，此水师之可虑也；河南捻匪窜扰鄂境，有取道皖北回援金陵之说，而皖北各城空虚，深恐逆踪阑入，此皖北之可虑也。现在调派各军，移缓就急，力图挽救。惟皖北地广兵单，现调提督成大吉一军，由三河尖驰赴英、霍，相机防剿。仍请敕下多隆阿迅速东还，驻军舒、桐，兼顾皖、鄂两省，大局幸甚。附片奏报宁国县城失守，徽州、旌德两城首当其冲。唐义训守徽州，朱品隆守旌德，两处兵力皆单，未知能坚守否？又片奏江西省厘务，数月以来，解数寥寥，藩司李桓总办粮台，兼管厘局，经理不善，已添委甘肃臬司刘于浔访察商情，署盐道孙长绂专司月报，整顿积弊。臣统军过多，欠饷太久，徒受揽江右利权之名，究无济苏、皖饥军之实，不能不力图补救之法。又片奏查明巢湖水师营官黄国尧于咸丰八年在庐郡阵亡情形，请从优议恤。

时贼船过东坝者，分布固城、南漪诸湖，欲冲出大江，杨公岳斌力疾扼守金柱关。公派陆军数营，往助防守。

金陵之贼，环雨花台官军营盘日夜猛攻，挟西洋开花炮，自空中击下，呼声动地。公弟国荃督军苦守不退，面受枪子伤，血流交颐，仍裹创巡营，以安众心。公弟贞幹驻营江干，力战以通馈运。大营军火，赖以接济，与贼相持兼旬。初五日，击贼破之。十二日，击贼又破之。攻扑之势稍衰。都兴阿公派兵千八百人渡江助守。公念湘军疾疫之馀，继以大股逼犯，恐局势决裂，日夕旁皇，寝不安席者数旬。而江西协饷多掣肘，公益忧之。

十四日，公作《三字箴》，其“清”字箴曰：“名利两淡，寡欲清心，一介不苟，鬼伏神钦。”“慎”字箴曰：“战战兢兢，死而后已，行有不得，反求诸己。”“勤”字箴曰：“手眼俱到，心力交瘁，困知勉行，夜以继日。”公言此十二语，当守以终身，遇大忧患大拂逆之时，庶以此免于尤悔耳。

十八日，水陆军合击贼于金柱关，大破之。二十一日，连击破之，毁贼船几尽。

金陵之贼开地道，用火药轰官军垒壁。公弟国荃力战，拒破之。令军士于营内掘隧以迎之，贼不得逞。李世忠攻贼于九洑洲，禀请分兵援金陵。公批札止之。

二十七日，驰奏汇报军情一折。金陵、宁国、芜湖、金柱关战守大概，并陈明调度各军，有与前奏不符者，视乎各路缓急之形。又奏采访忠义第十案。附片奏宿州二郎山练总马维敏、乔元功结寨御贼，为贼攻陷，殉难者二千馀人，请照阵亡例，赐恤建祠，以褒忠节。又奏绩溪县孝烈妇胡程氏请旌一片。